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「苔の洞門」の名称は、函(はこ)状の涸沢内の岩壁にコケ(蘚苔類)が密生し、特異な群落景観を形成していることから名付けられました。
岩盤に密生したコケは、まるで緑のじゅうたんを敷き詰めたような神秘的な雰囲気を醸し出しています。これは、特殊な地形、日射量、気温、湿度の微妙な調和によって出現したものです。コケの本格的な調査は、1978年8月にまとめたものが最初とされ、蘚類30種、苔類5種の合わせて35種が報告されています。
2011年度には環境省の調査が行われ、現在の確認は、さらに詳細な調査が必要なものを含め蘚類59種、苔類25種の合わせて84種となっています。

第1、第2両洞門を通じて圧倒的に広い面積を占めているのはエビゴケです。第1洞門ではエビゴケに次いでタカネツボミゴケ、ジャゴケ、エゾチョウチンゴケ、コマノヒツジゴケ、コツボゴケの順に大きな群落が見られます。また、岩盤上部の土壌部分や林床でもコケが多く、ここではセイタカスギゴケが目立っています。

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